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Title
DNA barcoding of Austrian eulipotyphlans / eingereicht von Alexander Kostmann, BSc
AuthorKostmann, Alexander
CensorKoblmüller, Stephan
PublishedGraz, September 2017
Description33 Blätter : Illustrationen
Institutional NoteKarl-Franzens-Universität Graz, Masterarbeit, 2017
Annotation
Zusammenfassungen in Deutsch und Englisch
LanguageEnglish
Document typeMaster Thesis
Keywords (GND)Eulipotyphla / DNS
URNurn:nbn:at:at-ubg:1-118850 Persistent Identifier (URN)
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DNA barcoding of Austrian eulipotyphlans [1.42 mb]
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Abstract (German)

DNA-Barcoding basierend auf dem Gen Cytochrom-c-Oxidase ist eine weit verbreitete und verlässliche Methode zur Bestimmung von Arten, Referenzdatenbanken sind hierfür aber dringend nötig. In dieser Studie präsentiere ich DNA Barcodes von 100 Individuen aus 28 Säugetierarten, mit einem Schwerpunkt auf der Ordnung Eulipotyphla. Jede Art innerhalb der Eulipotyphla formte eine monophyletische Klade mit hohem Bootstrap-Support und die Analyse der intra- und interspezifischen genetischen Distanzen stimmt mit diesem Ergebnis überein: die geringste interspezifische Distanz ist höher als die höchste intraspezifische und ein Barcoding Gap ist deutlich erkennbar. Zwei verschiedene Methoden wurden zur Bestimmung der Anzahl der molecular taxonomic units (MOTUs) verwendet: Automatic Barcode Gap Discovery und Poisson tree processes model. Beide kamen zu dem selben Ergebnis: jede Spezies bildet ein eigenes MOTU. Zusätzlich zu den Frischproben, großteils aus Muskelgewebe bestehend, wurden auch historische Proben in kurzen Fragmenten amplifiziert, was aber nur teilweise erfolgreich war.

Abstract (English)

DNA barcoding based on the cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene is widely applied and a reliable method for species identification, but reference libraries are essential for this task. In this study, I present DNA barcodes of 100 individuals, spread over 28 mammalian species and an emphasis on eulipotyphlans. Each eulipotyphlan species formed a monophyletic clade with high bootstrap support and the analysis of intra- and interspecific genetic distances is in congruence with this result: the lowest interspecific genetic distance is still higher than the highest intraspecific and a barcoding gap is clearly distinguishable. Two different approaches were used to estimate the number of molecular taxonomic units (MOTUs): Automatic Barcode Gap Discovery and the Poisson tree processes model. Both came to the conclusion that each species forms its own MOTU. In addition to fresh samples, mostly muscle tissue, historical samples were amplified in short fragments with partial success.

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