Titelaufnahme

Titel
NMR studies on protein - protein interactions participating in regulatory mechanisms in conjugative DNA transfer / vorgelegt von Adam Redzej
Verfasser/ VerfasserinRedzej, Adam
Begutachter / BegutachterinZangger Klaus ; Zechner Ellen
Erschienen2012
Umfang99 S. : 2 Zsfassungen ; Ill., graph. Darst.
HochschulschriftGraz, Univ., Diss., 2012
Anmerkung
Zsfassung in dt. und engl. Sprache
SpracheEnglisch
Bibl. ReferenzOeBB
DokumenttypDissertation
Schlagwörter (GND)Protein-Protein-Wechselwirkung / Bakterielle Konjugation / Protein-Protein-Wechselwirkung / Bakterielle Konjugation / Online-Publikation
URNurn:nbn:at:at-ubg:1-37149 Persistent Identifier (URN)
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NMR studies on protein - protein interactions participating in regulatory mechanisms in conjugative DNA transfer [5.41 mb]
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Zusammenfassung (Deutsch)

Protein-Protein Interaktionen (PPIs) spielen eine entscheidende Rolle in biologischen Prozessen. Diese spezifischen Wechselwirkungen bilden auch die Grundlage für die Entwicklung von molekularen Inhibitoren, etwa gegen die Ausbreitung von Antibiotika-Resistenzen durch bakterielle Konjugation. Ziel dieser Studie war die Beschreibung von Protein-Protein Interaktionen der bakteriellen DNA-Übertragung.Dabei wurden eventuelle Wechselwirkungen zwischen TraM, einem Hilfsprotein, und der Relaxase/Helikase TraI studiert. Weiters wurden die Interaktionen zwischen TraD und TraI betrachtet. Das Protein ParM wurde hinsichtlich seines DNA-Bindungsverhalten und seiner Wechselwirkungen mit anderen Relaxosom-Proteinen charakterisiert. Die durchgeführten Experimente zeigen beispielsweise, dass TraI und TraM nicht über deren N-Terminus wechselwirken, obwohl eine Interaktion mittels des C-Terminus nicht ausgeschlossen werden kann. Weiters wurde die erste Struktur eines Translokations-Proteins (TraI 570-795) anhand der Röntgen-Kristallographie gelöst. Dabei zeigen sich strukturelle Ähnlichkeiten zum Protein RecD2, das zur SF1 Familie gehört. Zwei SH3-ähnliche Domänen weisen dabei auf eine Signaltransduktionsfunktion hin. Letztendlich konnte gezeigt werden, dass TraI direkt mit TraD wechselwirkt und dies den zugrundeliegenden Mechanismus für T4S Kanalaktivierung darstellt. Außerdem gibt die Struktur Hinweise darauf, dass ParM mit TraI wechselwirken könnte.Zusammengefasst gewähren die erzielten Ergebnisse Einblicke in den Prozess der bakteriellen Konjugation.

Zusammenfassung (Englisch)

In this study the main goal was to define the protein ? protein interactions (PPI?s) which are necessary for regulation and signaling mechanisms in conjugal DNA transfer in bacteria. The role of the possible interaction between the auxiliary protein TraM and the relaxase ? helicase protein TraI was investigated. Next, the mechanism of T4S channel activation and substrate selection was considered to be driven by simple interactions between coupling protein TraD and TraI, via its translocation domain (TS). Eventually the role of partitioning actin ? like protein ParM in DNA processing was tested if it might stimulate the generation of nicked DNA because it is part of the relaxosome by interacting with TraI or other relaxosome component. The second hypothesis tested was if ParM is responsible for positioning the relaxosome to the T4S system and pass it by to the TraD via interaction mechanism.The experiments performed during this study have shown that the possible interactions between TraI and TraM are not involving the N-terminally encoded relaxase domain. However interactions including the C ?terminally encoded helicase domain cannot be excluded. The structure of the first translocation signal (TraI 570-795) has been solved using X-ray crystallography. It shows a partial homology to the structure of the member of SF1 family of helicases ? RecD2. Two duplications of 2B domains can be found. These SH3 like domain folds, are likely to be essential for signaling function in eukaryotic systems. Our study shows that TraD is interacting with TraI by this specific domain, indicating that this is the mechanism for T4S channel activation.Eventually, the collected dataset indicates that the protein which might interact with ParM is TraI and if that is the case, then the interaction happens also via the TSA domainAll together, the data gave more valuable information to understand the mechanism of substrates secretion during bacterial conjugation.