Titelaufnahme

Titel
Structure analysis on the D-threonine Aldolase from Alcaligenes xylosoxidans / Lina Riegler
Verfasser/ VerfasserinRiegler, Lina
Begutachter / BegutachterinGruber Karl
Erschienen2010
Umfang37, [10] Bl. Anh. : Zsfassung ; Ill., graph. Darst.
HochschulschriftGraz, Univ., Masterarb., 2010
Anmerkung
Zsfassung in dt. Sprache
SpracheEnglisch
DokumenttypMasterarbeit
Schlagwörter (GND)Alcaligenes denitrificans xylosoxydans / Glycin-Hydroxymethyltransferase / Strukturaufklärung / Alcaligenes denitrificans xylosoxydans / Glycin-Hydroxymethyltransferase / Strukturaufklärung / Online-Publikation
URNurn:nbn:at:at-ubg:1-15133 Persistent Identifier (URN)
Zugriffsbeschränkung
 Das Werk ist frei verfügbar
Dateien
Structure analysis on the D-threonine Aldolase from Alcaligenes xylosoxidans [2.89 mb]
Links
Nachweis
Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

Die D-Threonine Aldolase ist ein Enzym aus Alcaligenes xylosoxidans, welches die stereospezifische Reaktion von Glycin und Aldehyd zu ?-Hydroxy-?-aminosäuren katalysiert. Diese Aminosäuren spielen eine wichtige Rolle in der Agrochemie und in der Pharmazie. In dieser Arbeit wird mittels Röngtenkristallstrukturanalyse versucht die Struktur des Proteins zu lösen. In einer früheren Arbeit wurden die Kristallisationsbedinungen für dieses Protein bereits herausgefunden und hochaufgelöste Datensätze gesammelt. Für die Lösung des Phasenproblems ist die Methode des Molekularen Ersatzes keine Option, da es bis jetzt keine veröffentlichte Struktur mit genügend Sequenzidentität gibt. Isomorpher Ersatz und Anomale Dispersion sind die Lösungsstrategien die in dieser Arbeit angewendet werden. Nachdem potentiell derivatisierende Schweratomverbindungen am nativen Gel identifiziert wurden, wurden Schweratomderivate mittels Soaking-Methode hergestellt. Re-, Pt-, W- und Ta-Derivative wurden am Synchrotron für MAD und MIR Experimente gemessen sowie ein Schwefel-SAD. Obwohl die zuvor getätigten Fluoreszenz Spektren eine Bindung des Schweratoms im Kristall vermuten ließen, war es nicht möglich die Schweratome mit der Patterson Methode zu lokalisieren und damit war dieser Lösungsversuch nicht erfogreich.

Zusammenfassung (Englisch)

The D-threonine aldolase from Alcaligenes Xylosoxidans is a PLP depended enzyme which catalyses the stereospecific reaction from glycine and aldehyde to ?-hydroxy-?-amino acids, important biomolecules. In this work x-ray crystallography is applied in order to solve the structure of the protein. In former work, crystallization conditions were identified and high resolution datasets were collected. Since molecular replacement failed by insufficient identity of model structures, this work is dealing with heavy-atom methods of structure solution like isomorphous replacement and anomalous dispersion. Heavy-atom derivatives were produced by soaking method after screening for derivatizing compounds via native PAGE. Re-, Pt-, Ta- and W- derivatives for MAD and MIR and a sulfur-SAD were measured. Although the fluorescence scans performed before measurements indicated heavy-atoms bound in the crystals, any attempt to locate the heavy-atoms using Patterson method and automated substructure determination remained unsuccessful.