Titelaufnahme

Titel
Diversity of endophytic fungi in elder (Sambucus nigra L.) in interplay with corymb wilt disease and anthracnose / DI Hildrun Walter Bakk.rer.nat.
Verfasser/ VerfasserinWalter, Hildrun
Begutachter / BegutachterinGuttenberger, Helmut
ErschienenGraz, February 2016
Umfangxix, 132 Seiten : Illustrationen, Diagramme, Karten
HochschulschriftKarl-Franzens-Universität Graz, Dissertation, 2016
Anmerkung
Zusammenfassung in deutscher Sprache
SpracheEnglisch
Bibl. ReferenzOeBB
DokumenttypDissertation
Schlagwörter (GND)Schwarzer Holunder / Endophytische Pilze
URNurn:nbn:at:at-ubg:1-94701 Persistent Identifier (URN)
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Diversity of endophytic fungi in elder (Sambucus nigra L.) in interplay with corymb wilt disease and anthracnose [8.69 mb]
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Zusammenfassung (Deutsch)

Ein gesundes, natürliches aber auch ein gesundes, landwirtschaftliches Ökosystem bieten Lebensraum für eine Vielzahl an Pilzen, die in reger Interaktion mit ihrer Umwelt stehen. In den Anbaugebieten von Holunder (Sambucus nigra L.), ökonomisch das wichtigste Beerenobst in Österreich, gewinnen zwei Krankheiten an Bedeutung: die Doldenwelke und die Anthraknose. Ziel dieser Studie war es, die Pilzdiversität des Mikroökosystems Holunderbaum auf drei Ebenen zu erforschen: die generelle endophytische Diversität, das Auftreten pathogener Taxa und die phylogenetische Analyse des Phoma-Komplexes.In fünf steirischen Holunderanlagen wurden an acht Probetagen 650 Pflanzenproben gezogen und daraus 1275 endophytische Pilze isoliert. Die Hälfte der Pflanzenproben je Anlage stammte dabei von fungizidbehandelten Bäumen, die andere von unbehandelten. Basierend auf internal transcribed spacer Sequenzen der ribosomalen DNA wurden 39 Taxa identifiziert, wovon 32 noch nicht für Holunder publiziert wurden. Generell stieg die Anzahl an Pilzisolationen über den Sommer, der saisonale Verlauf war allerdings taxonspezifisch. Die Isolationen innerhalb des Phoma-Komplexes und der Gattung Fusarium, verbunden mit der Doldenwelke, als auch der der Gattung Colletotrichum, dem Anthraknose-Pathogen, umfassen 36% aller 1048 identifizierten Isolate, was den Krankheitsdruck verdeutlicht. Die Fungizidbehandlung senkte die Anzahl an Pilzisolationen signifikant, wobei die Effizienz allerdings taxonspezifisch war. Eine phylogenetische Analyse des Phoma-Komplexes ordnete die Isolate in fünf Gruppen, die meisten in die Gattungen Epicoccum und Boeremia.Die vorliegende Arbeit zeigt die hohe Diversität an endophytischen Pilzen im Holunder und die großen Auswirkungen der Fungizidbehandlung auf dieses kleine Ökosystem. Für ein nachhaltiges Krankheitsmanagement in der Landwirtschaft werden wir fundierte Kenntnisse über das Mikrobiom Holunder und seine Interaktionen benötigen.

Zusammenfassung (Englisch)

Healthy natural and agricultural ecosystems harbour a multitude of fungi staying in vivid interaction with animals, plants and bacteria. In cultivation areas of black elder (Sambucus nigra L.), economically the most important soft fruit crop in Austria, two fungal diseases gained importance: corymb wilt and anthracnose. The objective of this study was to investigate the fungal diversity of the micro-ecosystem elder tree on three observation levels: the general endophytic diversity, the occurrence of pathogenic taxa, and the diversity on low taxonomic scale investigating the Phoma-complex.In five Styrian commercial elder orchards 650 plant samples were collected on eight sampling days along summer resulting in 1275 endophytic fungal isolations. Half of the plant samples from each orchard were obtained from fungicide-treated trees, the other half from untreated ones. Based on rDNA internal transcribed spacer sequences 39 taxa were identified of which 32 have not been reported for elder before. In general, the number of fungal isolations increased over summer, but the seasonal pattern was taxon-specific. The isolations within the Phoma-complex and the genus Fusarium, connected with corymb wilt disease, and the genus Colletotrichum, the anthracnose pathogen, comprise 36% of the overall 1048 identified isolations emphasizing the scale of disease pressure. The fungicide treatment significantly reduced the number of fungal isolations, however, efficiency was shown to be taxon-specific. A phylogenetic analysis of Phoma-complex fungi assigned isolations in five different clades, mainly to the genera Epicoccum and Boeremia.The present study demonstrates the high diversity of endophytic fungi enlivening the elder tree and the strong impact of fungicide treatment on this small ecosystem. For a sustainable disease management in agriculture a profound knowledge about the microbiome elder and their interaction network will be essential.